PENGEMBANGAN DATABASE MIKROORGANISME INDIGENOS INDONESIA

Suatu negara dapat memperoleh keuntungan yang sangat tinggi dari pemanfaatan sumber daya hayati mikroorganisme, melalui pengembangan suatu koleksi biakan dan pengembangan teknologi berbasis informasi biologi (bioinformatika) dari koleksi biakan indigenos. Negara-negara di Asia yang telah memiliki database mikroorganisme indigenos antara lain adalah Jepang, Korea, Cina dan Thailand. Berdasarkan publikasi Hawksworth [1] mengenai biodiversitas mikroorganisme di dunia, baru sekitar 10% mikroorganisme yang ditemukan di dunia, sedangkan 90% masih belum dieksplorasi. Indonesia dikenal sebagai negara megabiodiversitas, akan tetapi informasi tentang biodiversitas mikroorganisme indigenos di Indonesia masih sangat minim jika dibandingkan dengan informasi tentang hewan dan tumbuhan indigenos Indonesia. Koleksi mikroorganisme University of Indonesia Culture Collection (UICC) merupakan salah satu koleksi biakan di Indonesia yang berada di Departemen Biologi FMIPA-UI sejak 1980 dan terdaftar sebagai anggota ke-563 dari World

Federation on Culture Collection (WFCC). Kegiatan UICC meliputi eksplorasi, isolasi, identifikasi dan pengujian bioprospeksi mikroorganisme indigenos Indonesia.

UICC mengoleksi mikroorganisme yang penting bagi industri (kedokteran, lingkungan, pertanian, pangan, dan bioteknologi) serta unik dan penting bagi dunia ilmu pengetahuan. Tujuan dari UICC adalah melakukan konservasi biodiversitas mikroorganisme indigenos Indonesia secara ex-situ. UICC telah melakukan penelitian eksplorasi mikroorganisme indigenos Indonesia dan mengoleksi sebanyak 2.155 strain indigenos Indonesia yang terdiri dari 43 strain bakteri; 479 strain kapang (filamentous fungi/moulds) dan 1.933 strain khamir (yeasts).

            Tujuan penelitian adalah membangun dan mengembangkan sebuah database mikroorganisme indigenos Indonesia yang berbasis di Universitas Indonesia, yang dapat dipercaya dan akurat berdasarkan informasi biologi terpadu dari karakter-karakter fenotipik dan genotipik koleksi biakan yang dimiliki. Pengumpulan informasi terpadu untuk database dimulai dari koleksi khamir UICC. Informasi dari koleksi khamir meliputi data isolasi; deskripsi morfologi; fisiologi-biokimia; foto-foto; dan data sekuen gen large subunit ribosomal RNA (LSU rRNA) serta sekuen daerah internal transcribed spacers (ITS regions).

Pengembangan database koleksi biakan dilakukan dengan cara: penelitian dan pengumpulan data strain untuk pembuatan katalog koleksi biakan UICC Pengumpulan data sekuens untuk pembuatan database sekuens koleksi biakan UICC, serta pengembangan sistem dan aplikasi database berbasis web untuk koleksi biakan tersebut. Tujuan dari pengembangan sistem dan aplikasi database selain untuk memfasilitasi database koleksi biakan UICC, juga untuk memfasilitasi penyimpanan data-data sekuen, fenotipik, dan isolasi yang dimiliki oleh Lab/Departemen/ Fakultas lain di lingkungan Universitas Indonesia. Di samping hal tersebut, dengan adanya sistem database ini, data-data UICC yang belum didaftarkan pada genebank, akan tetap terjaga hak ciptanya dan tetap menjadi milik UICC.

Nama dan versi perangkat lunak yang digunakan dalam penelitian ini adalah: Linux RedHat 9.0 (sistem operasi), Apache ver. 2.20 (web server), MySQL ver. 4.2 (database server), dan PHP ver. 4.3 (web interface programming language). Sistem database mikro-organisme indigenos yang telah dikembangkan, untuk sementara dapat diakses melalui situs: http://152.118.162.250/bio/. Selanjutnya, setelah penelitian ini berakhir, alamat situs akan dipindahkan

SUMBER : MAKARA, SAINS, VOL. 10, NO. 1, APRIL 2006: 1-5

WHAT IS NCBI ..........??????

National Center for Biotechnology Information (NCBI) adalah bagian dari Amerika Serikat National Library of Medicine (NLM), sebuah cabang dari National Institutes of Health. Para NCBI terletak di Bethesda, Maryland (38.994994 ° N 77.099339 ° WCoordinates: 38.994994 ° N 77.099339 ° B) dan didirikan pada tahun 1988 melalui legislasi disponsori oleh Senator Claude Pepper. Para NCBI rumah sekuensing genom data dalam GenBank dan indeks artikel penelitian biomedis di PubMed Central dan PubMed, serta informasi lain yang relevan dengan bioteknologi. Semua database yang tersedia secara online melalui mesin pencari Entrez.
NCBI diarahkan oleh David Lipman, salah satu penulis asli dari program BLAST urutan alignment dan seorang tokoh yang dihormati di Bioinformatika. Dia juga memimpin program penelitian intramural, termasuk kelompok yang dipimpin oleh Stephen Altschul (BLAST lain co-penulis), David penghuni darat, dan Eugene Koonin (seorang penulis produktif di genomik komparatif).
Para NCBI telah memiliki tanggung jawab untuk membuat database GenBank tersedia urutan DNA sejak 1992. GenBank berkoordinasi dengan laboratorium individu dan database urutan lainnya seperti Biologi Laboratorium Molekuler Eropa (EMBL) dan DNA Data Bank of Japan (DDBJ) . 
Sejak tahun 1992, NCBI telah berkembang untuk menyediakan database lain selain GenBank. NCBI menyediakan Warisan Mendel Online di Man, Database Modeling Molekuler (struktur protein 3D), dbSNP database polimorfisme nukleotida tunggal, Koleksi Gene Urutan unik Manusia, Peta Gene dari genom manusia, Browser Taksonomi, dan koordinat dengan National Cancer Institute untuk menyediakan Proyek Genome Kanker Anatomi. Para NCBI memberikan pengenal unik (nomor ID Taksonomi) untuk setiap spesies organisme.
Para NCBI memiliki alat software yang tersedia dengan browsing WWW atau melalui FTP. Sebagai contoh, BLAST adalah kesamaan urutan program yang mencari. BLAST dapat melakukan perbandingan urutan DNA terhadap database GenBank dalam waktu kurang dari 15 detik.
Rak Buku pada NCBI adalah kumpulan tersedia secara bebas, download, on-line versi buku biomedis yang dipilih. Sejak April 2011, Rak Buku telah ada 845 judul yang meliputi berbagai topik termasuk biologi molekuler, biokimia, biologi sel, genetika, mikrobiologi, menyatakan penyakit dari titik molekuler dan seluler pandang, metode penelitian, dan virologi. Beberapa buku adalah versi online dari buku yang diterbitkan sebelumnya, sementara yang lain, seperti Coffee Break (buku), yang ditulis dan diedit oleh NCBI staf. Bookshelf adalah pelengkap repositori Entrez PubMed peer-review abstrak publikasi dalam bahwa isi Bookshelf memberikan perspektif didirikan pada bidang berkembang studi dan konteks di mana banyak potongan individu yang berbeda dari penelitian yang dilaporkan dapat diatur.

GenBank ........???

sekilas info :Apa itu GenBank?????  info sedikit tentang NCBIGenBank ® adalah urutan NIH database yang genetik, sebuah koleksi pemahamandari semua sekuens DNA tersedia untuk umum (Asam Nukleat Penelitian, 2011Jan; 39(edisi Database): D32-7). Ada sekitar 126.551.501.141 135.440.924pangkalan di urutan catatan di divisi GenBank tradisional dan 19140139318862715288 catatan pangkalan di urutan dalam pembagian WGS hingga April 2011.

Catatan rilis lengkap untuk versi terbaru dari GenBank tersedia di situs ftp NCBI.Rilis baru dibuat setiap dua bulan. GenBank adalah bagian dari databaseKolaborasi Urutan Nukleotida Internasional, yang terdiri dari bank data DNA dariJepang (DDBJ), Biologi Molekuler Eropa Laboratorium (EMBL), dan GenBank diNCBI. Ketiga organisasi pertukaran data setiap hari.

Sebuah contoh dari sebuah catatan GenBank dapat dilihat untuk genSaccharomyces cerevisiae.

''From Yesterday'' ,, oleh: 30 Seconds To Mars

"FROM YESTERDAY"

He's a stranger to some

And a vision to none

He can never get enough,

Get enough of the onea

For a fortune he'd quit

But it's hard to admit

How it ends and begins

On his face is a map of the world

(A map of the world)

On his face is a map of the world

(A map of the world)

From yesterday, it's coming!

From yesterday, the fear!

From yesterday, it calls him

But he doesn't want to read the message here

On a mountain he sits, not of gold but of shit

through the blood he can learn, see the life that it turn

From council of one

He'll decide when he's done with the innocent

On his face is a map of the world

(A map of the world)

On his face is a map of the world

(A map of the world)

From yesterday, it's coming!

From yesterday, the fear!

From yesterday, it calls him

But he doesn't want to read the message here

But he doesn't want to read the message here

But he doesn't want to read the message here

On his face is a map of the world



From yesterday, it's coming!

From yesterday, the fear!

From yesterday, it calls him

But he doesn't want to read the message here

From yesterday,

From yesterday,

From yesterday, the fear

From yesterday,

From yesterday

But he doesn't want to read the message here

But he doesn't want to read the message here

But he doesn't want to read the message here

my favorite SONG