Suatu negara dapat memperoleh keuntungan yang sangat tinggi dari pemanfaatan sumber daya hayati mikroorganisme, melalui pengembangan suatu koleksi biakan dan pengembangan teknologi berbasis informasi biologi (bioinformatika) dari koleksi biakan indigenos. Negara-negara di Asia yang telah memiliki database mikroorganisme indigenos antara lain adalah Jepang, Korea, Cina dan Thailand. Berdasarkan publikasi Hawksworth [1] mengenai biodiversitas mikroorganisme di dunia, baru sekitar 10% mikroorganisme yang ditemukan di dunia, sedangkan 90% masih belum dieksplorasi. Indonesia dikenal sebagai negara megabiodiversitas, akan tetapi informasi tentang biodiversitas mikroorganisme indigenos di Indonesia masih sangat minim jika dibandingkan dengan informasi tentang hewan dan tumbuhan indigenos Indonesia. Koleksi mikroorganisme University of Indonesia Culture Collection (UICC) merupakan salah satu koleksi biakan di Indonesia yang berada di Departemen Biologi FMIPA-UI sejak 1980 dan terdaftar sebagai anggota ke-563 dari World
Federation on Culture Collection (WFCC). Kegiatan UICC meliputi eksplorasi, isolasi, identifikasi dan pengujian bioprospeksi mikroorganisme indigenos Indonesia.
UICC mengoleksi mikroorganisme yang penting bagi industri (kedokteran, lingkungan, pertanian, pangan, dan bioteknologi) serta unik dan penting bagi dunia ilmu pengetahuan. Tujuan dari UICC adalah melakukan konservasi biodiversitas mikroorganisme indigenos Indonesia secara ex-situ. UICC telah melakukan penelitian eksplorasi mikroorganisme indigenos Indonesia dan mengoleksi sebanyak 2.155 strain indigenos Indonesia yang terdiri dari 43 strain bakteri; 479 strain kapang (filamentous fungi/moulds) dan 1.933 strain khamir (yeasts).
Tujuan penelitian adalah membangun dan mengembangkan sebuah database mikroorganisme indigenos Indonesia yang berbasis di Universitas Indonesia, yang dapat dipercaya dan akurat berdasarkan informasi biologi terpadu dari karakter-karakter fenotipik dan genotipik koleksi biakan yang dimiliki. Pengumpulan informasi terpadu untuk database dimulai dari koleksi khamir UICC. Informasi dari koleksi khamir meliputi data isolasi; deskripsi morfologi; fisiologi-biokimia; foto-foto; dan data sekuen gen large subunit ribosomal RNA (LSU rRNA) serta sekuen daerah internal transcribed spacers (ITS regions).
Pengembangan database koleksi biakan dilakukan dengan cara: penelitian dan pengumpulan data strain untuk pembuatan katalog koleksi biakan UICC Pengumpulan data sekuens untuk pembuatan database sekuens koleksi biakan UICC, serta pengembangan sistem dan aplikasi database berbasis web untuk koleksi biakan tersebut. Tujuan dari pengembangan sistem dan aplikasi database selain untuk memfasilitasi database koleksi biakan UICC, juga untuk memfasilitasi penyimpanan data-data sekuen, fenotipik, dan isolasi yang dimiliki oleh Lab/Departemen/ Fakultas lain di lingkungan Universitas Indonesia. Di samping hal tersebut, dengan adanya sistem database ini, data-data UICC yang belum didaftarkan pada genebank, akan tetap terjaga hak ciptanya dan tetap menjadi milik UICC.
Nama dan versi perangkat lunak yang digunakan dalam penelitian ini adalah: Linux RedHat 9.0 (sistem operasi), Apache ver. 2.20 (web server), MySQL ver. 4.2 (database server), dan PHP ver. 4.3 (web interface programming language). Sistem database mikro-organisme indigenos yang telah dikembangkan, untuk sementara dapat diakses melalui situs: http://152.118.162.250/bio/. Selanjutnya, setelah penelitian ini berakhir, alamat situs akan dipindahkan
SUMBER : MAKARA, SAINS, VOL. 10, NO. 1, APRIL 2006: 1-5
Tidak ada komentar:
Posting Komentar