BIOINFORMATIKA DIBIDANG BUDIDAYA PERAIRAN

Mengutip dari jurnal yang berjudul :

Karakterisasi urutan diungkapkan tag yang diturunkan
polimorfisme nukleotida tunggal dalam kerang teluk
Argopecten irradians irradians

Ronghua Li Æ Qi Li Æ Lingfeng Kong

Jurnal ini merupakan aplikasi bioinformatika di dalam bidang budidaya tentang frekuensi  putative single-nucleotide polymorphisms (SNP) yang ada pada kerang teluk dengan mencocokkan dengan yang ada pada expressed sequenced tag (EST) dan basic local alignment search tool BLASTX.  

Polimorfisme nukleotida tunggal (SNP) adalah yang paling umum kelas dan unit terkecil dari variasi genetik hadir dalam genom Karena kepadatan yang tinggi frekuensi, laju mutasi yang lebih rendah dibandingkan dengan mikrosatelit spidol, penanda SNP menyediakan sumber daya yang kuat untuk linkage genomewide disekuilibrium dan asosiasi genetika studi. Penelitian dalam jurnal ini mengetahui karakteristik dan banyaknya Polimorfisme nukleotida tunggal (SNP) yang ada pada kerang teluk. Kerang teluk Argopecten irradians irradians  merupakan kerang nilai ekonomi yang besar dalam perikanan, genetik spidol diperlukan untuk memastikan pengelolaan yang berkelanjutan spesies ini, dan untuk penanda-assisted selection dan silsilah tekad dalam akuakultur. Juga perbaikan, genetik dari budidaya kerang teluk bisa  mendapatkan keuntungan besar dari yang lebih baik pemahaman tentang arsitektur serta evolusi genom nya. Dalam penelitian ini, kami menjelaskan deteksi dan karakteristik dari A. Irradians irradians EST terkait SNP dengan metode tetra-primer ARMS-PCR. Eksklusif kekuatan SNP divalidasi dalam analisis keturunan adalah simulasi dengan perbandingan dengan set yang diturunkan EST sederhana ulangi urutan penanda (EST-SSRs). Juga, penggunaan tabel kodon itu disimpulkan dari analisis EST database untuk menyelidiki perbedaan frekuensi antara dua alel dari SNP.

Hasil yang didapatkan Sebanyak 3905 SNP diduga terdeteksi dalam A. i. irradians EST database dan SNP rata putatif frekuensi diperkirakan satu per 118,2 bp contig urutan. Hal ini menunjukkan bahwa jumlah individu yang digunakan untuk EST menghasilkan memiliki pengaruh kuat pada SNP deteksi dan frekuensi. Karena urutan di i. A. Irradians EST database yang berasal dari perpustakaan cDNA dibangun dari hanya satu individu teluk kerang, frekuensi SNP dapat dianggap remeh

Untuk tahu selengkapnya bisa di lihat di  spingerlink UNDIP ,dengan alamat web seperti dibawah ini :
 

 http://www.springerlink.com/content/d051740040652236/fulltext.pdf