BIOINFORMATIKA DIBIDANG BUDIDAYA PERAIRAN

Mengutip dari jurnal yang berjudul :

Karakterisasi urutan diungkapkan tag yang diturunkan
polimorfisme nukleotida tunggal dalam kerang teluk
Argopecten irradians irradians

Ronghua Li Æ Qi Li Æ Lingfeng Kong

Jurnal ini merupakan aplikasi bioinformatika di dalam bidang budidaya tentang frekuensi  putative single-nucleotide polymorphisms (SNP) yang ada pada kerang teluk dengan mencocokkan dengan yang ada pada expressed sequenced tag (EST) dan basic local alignment search tool BLASTX.  

Polimorfisme nukleotida tunggal (SNP) adalah yang paling umum kelas dan unit terkecil dari variasi genetik hadir dalam genom Karena kepadatan yang tinggi frekuensi, laju mutasi yang lebih rendah dibandingkan dengan mikrosatelit spidol, penanda SNP menyediakan sumber daya yang kuat untuk linkage genomewide disekuilibrium dan asosiasi genetika studi. Penelitian dalam jurnal ini mengetahui karakteristik dan banyaknya Polimorfisme nukleotida tunggal (SNP) yang ada pada kerang teluk. Kerang teluk Argopecten irradians irradians  merupakan kerang nilai ekonomi yang besar dalam perikanan, genetik spidol diperlukan untuk memastikan pengelolaan yang berkelanjutan spesies ini, dan untuk penanda-assisted selection dan silsilah tekad dalam akuakultur. Juga perbaikan, genetik dari budidaya kerang teluk bisa  mendapatkan keuntungan besar dari yang lebih baik pemahaman tentang arsitektur serta evolusi genom nya. Dalam penelitian ini, kami menjelaskan deteksi dan karakteristik dari A. Irradians irradians EST terkait SNP dengan metode tetra-primer ARMS-PCR. Eksklusif kekuatan SNP divalidasi dalam analisis keturunan adalah simulasi dengan perbandingan dengan set yang diturunkan EST sederhana ulangi urutan penanda (EST-SSRs). Juga, penggunaan tabel kodon itu disimpulkan dari analisis EST database untuk menyelidiki perbedaan frekuensi antara dua alel dari SNP.

Hasil yang didapatkan Sebanyak 3905 SNP diduga terdeteksi dalam A. i. irradians EST database dan SNP rata putatif frekuensi diperkirakan satu per 118,2 bp contig urutan. Hal ini menunjukkan bahwa jumlah individu yang digunakan untuk EST menghasilkan memiliki pengaruh kuat pada SNP deteksi dan frekuensi. Karena urutan di i. A. Irradians EST database yang berasal dari perpustakaan cDNA dibangun dari hanya satu individu teluk kerang, frekuensi SNP dapat dianggap remeh

Untuk tahu selengkapnya bisa di lihat di  spingerlink UNDIP ,dengan alamat web seperti dibawah ini :
 

 http://www.springerlink.com/content/d051740040652236/fulltext.pdf

Bioinformatic of Aquaculture.....????

Hai teman-teman semua saya ingin memberi informasi sedikit tentang apa itu bioinformatika dan kegunannya dibidang budidaya...

Semoga berguna bagi teman-teman semua..

pasti belum tau kan ssebelumnya...

untuk lebih lengkapnya bisa teman-teman lihat  dibawah ini..:

What is Bioinformatika..??

Bioinformatika merupakan salah satu ilmu terapan yang lahir dari perkembangan teknologi informasi di bidang molekuler, mempelajari penerapan teknik komputasi untuk mengelola dan menganalisa informasi hayati, bidang ini mencakup penerapan metode-metode matematika, statistika, dan informasi untuk memecahkan masalah-masalah biologi, terutama yang terkait dengan penggunaan sekuen DNA dan asam amino.

Bioinformatika (bahasa Inggris: bioinformatics) adalah (ilmu yang mempelajari) penerapan teknik komputasional untuk mengelola dan menganalisis informasibiologis. Bidang ini mencakup penerapan metode-metode matematika, statistika, daninformatika untuk memecahkan masalah-masalah biologis, terutama dengan menggunakan sekuens DNA dan asam amino serta informasi yang berkaitan dengannya. Contoh topik utama bidang ini meliputi basis data untuk mengelola informasi biologis, penyejajaran sekuens (sequence alignment), prediksi struktur untuk meramalkan bentuk struktur protein maupun struktur sekunder RNA, analisisfilogenetik, dan analisis ekspresi gen.

Istilah bioinformatics mulai dikemukakan pada pertengahan era 1980-an untuk mengacu pada penerapan komputer dalam biologi. Namun demikian, penerapan bidang-bidang dalam bioinformatika (seperti pembuatan basis data dan pengembangan algoritma untuk analisis sekuens biologis) sudah dilakukan sejak tahun 1960-an

Bioinformatika dibidang budidaya perairan

Berikut adalah beberapa contoh penerapan bioinformatika dalam bidang budidaya:

Teknologi ekspresi protein

Produksi protein rekombinan sedang hangat dalam bidang bioteknologi. Ada berbagai metoda yang dapat dipilih sebagai sistem ekspresi antara lain pendekatan bakterial, yeast (ragi),  sel insekta maupun transgenik. Banyak produk sebagai contoh hormon, gonadotropin dan enzym telah digunakan dalam akuakultur. Ekspresi antigen untuk pengembangan vaksin mewakili pula kegiatan dalam bidang ini.

 Mikrosatelit, RFLP, Analisis QTL

Teknologi “sidik jari” DNA dan pemetaan DNA semakin mempermudah perkembangan ilmu dalam akuakultur.  Teknologi tersebut digunakan untuk identifikasi stok, seleksi dalam kegiatan breeding, dan mengidentifikasi gen yang penting dalam akuakultur seperti pertumbuhan dan resistensi terhadap penyakit. Pemetaan dan karakterisasi gen semakin dipermudah dengan adanya teknologi QTL (Quantitative Trait Loci).

Vaksin DNA

Kegiatan ini melibatkan pengunaan DNA untuk mengekspresikan antigen dalam inang sebagai bagian dari proses vaksinasi. Teknologi ini telah diterapkan dalam skala penelitian pada rainbow trout dan hasilnya sangat bagus. Ketika di uji tantang dengan virus IHNV, hampir 100% ikan dengan  perlakuan teknologi ini selamat dan perlakuan kontrol 85-90% mengalami kematian.

Proteomics

Proteomic adalah ilmu yang mempelajari sifat protein (tingkat ekspresi,  interaksi, modifikasi setelah translasi dan lainnya) dalam skala besar untuk memperoleh pandangan jelas dan terintegrasi sebagai contoh untuk mengetahui proses yang menyebabkan penyakit, meneliti proses-proses dalam sel, networking pada skala protein. Teknologi ini adalah kombinasi dari elektroforesis “2D” polyacrilamide gel dengan spektrometer. Ditunjang oleh teknologi komputer untuk mengolah data dan bioinformatika, teknologi ini menjadi metoda yang cepat dan sensitif untuk mengetahui karakterisasi protein. Kesimpulannya teknologi ini bisa mengidentifikasi protein yang dapat berperan untuk penemuan obat, theurapeutics dan lainnya.

Teknologi Transgenik

Teknologi transgenik telah digunakan sejak 1980 dan sekarang berkembang memproduksi makhluk hidup dengan fenotip yang diinginkan. Dalam bidang akuakultur teknologi ini berguna untuk meningkatkan laju 

Mengapa kita harus mengetahi Bioinformatika di bidang budidaya perairan ini ???

Komoditas perikanan saat ini semakin meningkat. Hal ini disebabkan karena nilai gizi ikan yang tinggi. Sektor perikanan pada perikanan budidaya diharapkan mampu untuk memenuhi kebutuhan masyarakat akan ikan. Namun budidaya perikanan mengalami permasalahan diantaranya ketersediaan benih unggul, masalah pakan dan serangan hama penyakit.

Berbagai penelitian telah dilakukan untuk meningkatkan produksi budidaya perikanan. Salah satunya ialah dengan pendekatan secara molekuler dengan memanipulasmi  mekanisme melekuler khususnya DNA yang melatarbelakangi phisiologi dan mengekspresikan sifat dari organisme budidaya. Dengan pemahaman fungsi genom, maka komposisi dan ekspresi gen dapat diatur sedemikian rupa melalui sejumlah pendekatan bio molekuler guna meningkatkan produksi dan kualitas budidaya.

Seiring dengan kemajuan dalam teknologi berbasis DNA seperti sekuensing genom telah menyebabkan terjadinya ledakan informasi genetik yang dihasilkan oleh para peneliti. Membludaknya jumlah informasi genetik ini mutlak memerlukan ilmu ilmu computer untuk pengelolananya, sehingga lahirlah bidang ilmu baru yang disebut bioinformatika. Dengan software-software dan situs bioinformatika diharapkan mampu untuk membantu penelitian yang berkaitan dengan biologi molekuler organisme budidaya sehingga penelitian akan lebih mudah dilakuakan dan hasilnya lebih valid. Penggunaan software bioinformatika dalam penelitian diharapkan mampu meningkatkan produktivitas budidaya perikanan

Berikut adalah link yang dapat dilihat untuk informasi yang lebih jelas :

http://akuakultur.wordpress.com/2006/12/12/bioteknologi-dalam-akuakultur/

http://id.wikipedia.org/wiki/Bioinformatika

http://id.wikipedia.org/wiki/Budidaya_perairan

WHAT IS SIG.........???

Sistem Informasi Geografis

            Teknologi SIG (Sistem Informasi Geografis) / Geographic Information System (GIS) merupakan suatu teknologi mengenai informasi geografis yang telah sangat berkembang. Pada penulisan ini akan membahas pembuatan aplikasi Sistem Informasi Geografis berbasis Web, khususnya dalam bidang sarana pelayanan kesehatan Kota Depok, dengan menggunakan data-data yang telah diperoleh dari Dinas Kesehatan pemerintah Kota Depok dan media internet. Namun, pembahasannya dibatasi pada bagaimana website ini dapat menampilkan data-data tersebut ke dalam bentuk peta/data spasial sehingga dapat lebih mudah didapatkan dan dipahami oleh pengguna.

            Era komputerisasi telah membuka wawasan dan paradigma baru dalam proses pengambilan keputusan dan penyebaran informasi. Data yang merepesentasikan “dunia nyata” dapat disimpan dan diproses sedemikian rupa sehingga dapat disajikan dalam bentukbentuk yang lebih sederhana dan sesuai kebutuhan.

            Sejak pertengahan tahun 1970-an, telah dikembangkan sistem-sistem yang secara khusus dibuat untuk menangani masalah informasi yang bereferensi geografis dalam berbagai cara dan bentuk. Masalah-masalah ini mencakup:Javascript dan CSS.

1. Pengorganisasian data dan informasi

2. Penempatan informasi pada lokasi tertentu

3. Melakukan komputasi, memberikan ilustrasi keterhubungan informasi, beserta analisa analisa spasial lainnya.

            Sebutan umum untuk sistem-sistem yang menangani masalah-masalah tersebut adalah Sistem InformasiGeografis (SIG).

A.    Komponen Sistem Informasi Geografis

            Secara umum, Sistem Informasi Geografis bekerja berdasarkan integrasi komponen, yaitu: Hardware, Software, Data, Manusia dan Metode. Kelima komponen tersebut dapat dijelaskan sebagai berikut:

1. Hardware

              Sistem Informasi Geografis memerlukan spesifikasi komponen hardware yang sedikit lebih tinggi dibanding spesifikasi komponen sistem informasi lainnya. Hal tersebut disebabkan karena data-data yang digunakan dalam SIG, penyimpanannya membutuhkan ruang yang besar dan dalam proses analisanya membutuhkan memory yang besar dan processor yang cepat. Beberapa Hardware yang sering digunakan dalam Sistem Informasi Geografis adalah Personal Computer (PC), Mouse, Digitizer, Printer, Plotter dan Scanner.

2. Software

            Sebuah software SIG haruslah menyediakan fungsi dan tool yang mampu melakukan penyimpanan data, analisis dan menampilkan informasi geografis. Dengan demikian elemen yang harus terdapat dalam komponen software SIG adalah:

1. Tools untuk melakukan input dan transformasi data geografis

2. Sistem Manajemen Basis Data.

3. Tools yang mendukung query geografis, analisis dan visualisasi.

4. Geographical User Interface (GUI) digunakan untuk memudahkan akses pada tool geografi.

3. Data

            Hal yang merupakan komponen penting dalam SIG adalah data. Secara fundamental, SIG bekerja dengan 2 tipe model data geografis, yaitu model data vector dan model data raster.   Dalam model data vector, informasi posisi point, garis dan polygon disimpan dalam bentuk         koordinat x,y. Bentuk garis, seperti jalan dan sungai dideskripsikan sebagai kumpulan dari koordinatkoordinat point. Bentuk polygon, seperti daerah penjualan disimpan sebagai pengulangan koordinat yang tertutup. Data raster terdiri dari sekumpulan grid atau sel seperti

peta hasil scanning maupun gambar atau image. Masingmasing grid memiliki nilai tertenti yang bergantung pada bagaimana image tersebut digambarkan.

4. Manusia

            Komponen manusia memegang peranan yang sangat menentukan, karena tanpa manusia maka sistem tersebut tidak dapat diaplikasikan dengan baik. Jadi manusia menjadi komponen yang mengendalikan suatu sistem sehingga menghasilkan suatu analisa yang dibutuhkan.

5. Metode

            SIG yang baik memiliki keserasian antara rencana desain yang baik dan aturan dunia nyata, dimana metode, model dan implementasi akan berbeda.

B.     Quantum GIS

            Quantum GIS adalah aplikasi SIG gratis yang mencakup pemetaan, analisis spasial dan beberapa fitur DesktopGIS lainnya. Aplikasi ini sama dengan paket aplikasi GIS komersial namun aplikasi ini didistribusikan secara gratis dibawah lisensi GNU, Quantum GIS mendukung format data vektor, raster dan database (PostGIS dan Oracle). Quantum GIS juga dapat diprogram ulang untuk mengerjakan tugas yang berbeda atau lebih spesifik. Aplikasi ini juga merupakan suatu aplikasi multi-platform yang dapat dijalankan pada sistem operasi yang berbeda-beda termasuk MacOS X, Linux, Unix dan Windows XP.

C.    Mapserver

            Software digunakan dalam perancangan SIG ini adalah MapServer. MS4W (MapServer for Windows) adalah paket instalasi MapServer untuk platform Windows. Dimana MapServer (http://mapserver.gis.umn.edu) merupakan aplikasi freeware dan Open Source untuk dapat menampilkan SIG di web. MS4W dilengkapi dengan berbagai modul tambahan (optional) yang mempermudah kita membangun dan mengadministrasi sistem WebGIS.

            Saat ini, selain dapat mengakses MapServer sebagai program CGI, MapServer juga dapat diakses sebagai modul MapScript, melalui berbagai bahasa pemrograman, seperti PHP, Perl, Python, Java dan lain sebagainya. Akses fungsi-fungsi MapServer melalui skrip akan lebih memudahkan pengembangan aplikasi WebGIS. Untuk menjalankan dan menampilkan peta yang dihasilkan oleh MapServer, diperlukan dua file yaitu Map File dan HTML File. Map File berisikan konfigurasi penyajian petauntuk setiap permasalahan. yang ditulis dalam bahasa dan sintaks tersendiri. Informasi ini kemudian diolah dan disajikan oleh program MapServer. Sedangkan file HTML digunakan untuk melakukan format penyajian hasil (peta).

D.    Chameleon

            Chameleon adalah framework yang dapat digunakan dengan baik pada WebGis. Dapat digunakan secara berdampingan atau full integrated dengan dengan Mapserver berdasarkan spesifikasi yang ditentukan oleh Open Geospatial Consortium (OGC). Chameleon sebagai sebuah produk dari Open Source yang dibangun dengan bahasa pemprograman PHP. Chameleon memberikan akses yang sederhana ke beberapa fitur yang hanya bisa diakses dalam MapScript dimana telah disediakan sebuah script yang telah jadi sebagai komponen yang dapat di gunakan. Dengan Chameleon seorang yang bukan programmer memungkinkan untuk memasukan komponen pada applikasi WebGis.

            Kita tidak mesti mengetahui bagaimana script ini bekerja karena dibangun dengan PHP MapScript jadi disini kita dapat dengan mudah memberikan HTML Tag. Sebagai contoh penggunaan HTML Tag seperti melakukan desain untuk menambahkan peta, scalebar, legend, query tool, printing tools dan aplikasi-aplikasi lainnya. Pengembang aplikasi yang menggunakan Chameleon dapat melakukannya hanya dengan menambahkan Tag pada halaman HTML. Cara seperti ini disebut dengan CWC2 Tag sebuah konfigurasi untuk komponen client Web GIS. Penggunaan Tag ini memberikan metode yang sederhana dalam menambahankan sebuah halaman pada aplikasi web.

SUMBER : Endah Dharmaputeri (10105565) . Jurusan Sistem Informasi, Ilmu Komputer dan Teknologi Informasi Universitas Gunadarma. (Aplikasi Sistem Informasi Geografi Berbasis Web Menggunakan Quantum GIS).

PENGEMBANGAN DATABASE MIKROORGANISME INDIGENOS INDONESIA

Suatu negara dapat memperoleh keuntungan yang sangat tinggi dari pemanfaatan sumber daya hayati mikroorganisme, melalui pengembangan suatu koleksi biakan dan pengembangan teknologi berbasis informasi biologi (bioinformatika) dari koleksi biakan indigenos. Negara-negara di Asia yang telah memiliki database mikroorganisme indigenos antara lain adalah Jepang, Korea, Cina dan Thailand. Berdasarkan publikasi Hawksworth [1] mengenai biodiversitas mikroorganisme di dunia, baru sekitar 10% mikroorganisme yang ditemukan di dunia, sedangkan 90% masih belum dieksplorasi. Indonesia dikenal sebagai negara megabiodiversitas, akan tetapi informasi tentang biodiversitas mikroorganisme indigenos di Indonesia masih sangat minim jika dibandingkan dengan informasi tentang hewan dan tumbuhan indigenos Indonesia. Koleksi mikroorganisme University of Indonesia Culture Collection (UICC) merupakan salah satu koleksi biakan di Indonesia yang berada di Departemen Biologi FMIPA-UI sejak 1980 dan terdaftar sebagai anggota ke-563 dari World

Federation on Culture Collection (WFCC). Kegiatan UICC meliputi eksplorasi, isolasi, identifikasi dan pengujian bioprospeksi mikroorganisme indigenos Indonesia.

UICC mengoleksi mikroorganisme yang penting bagi industri (kedokteran, lingkungan, pertanian, pangan, dan bioteknologi) serta unik dan penting bagi dunia ilmu pengetahuan. Tujuan dari UICC adalah melakukan konservasi biodiversitas mikroorganisme indigenos Indonesia secara ex-situ. UICC telah melakukan penelitian eksplorasi mikroorganisme indigenos Indonesia dan mengoleksi sebanyak 2.155 strain indigenos Indonesia yang terdiri dari 43 strain bakteri; 479 strain kapang (filamentous fungi/moulds) dan 1.933 strain khamir (yeasts).

            Tujuan penelitian adalah membangun dan mengembangkan sebuah database mikroorganisme indigenos Indonesia yang berbasis di Universitas Indonesia, yang dapat dipercaya dan akurat berdasarkan informasi biologi terpadu dari karakter-karakter fenotipik dan genotipik koleksi biakan yang dimiliki. Pengumpulan informasi terpadu untuk database dimulai dari koleksi khamir UICC. Informasi dari koleksi khamir meliputi data isolasi; deskripsi morfologi; fisiologi-biokimia; foto-foto; dan data sekuen gen large subunit ribosomal RNA (LSU rRNA) serta sekuen daerah internal transcribed spacers (ITS regions).

Pengembangan database koleksi biakan dilakukan dengan cara: penelitian dan pengumpulan data strain untuk pembuatan katalog koleksi biakan UICC Pengumpulan data sekuens untuk pembuatan database sekuens koleksi biakan UICC, serta pengembangan sistem dan aplikasi database berbasis web untuk koleksi biakan tersebut. Tujuan dari pengembangan sistem dan aplikasi database selain untuk memfasilitasi database koleksi biakan UICC, juga untuk memfasilitasi penyimpanan data-data sekuen, fenotipik, dan isolasi yang dimiliki oleh Lab/Departemen/ Fakultas lain di lingkungan Universitas Indonesia. Di samping hal tersebut, dengan adanya sistem database ini, data-data UICC yang belum didaftarkan pada genebank, akan tetap terjaga hak ciptanya dan tetap menjadi milik UICC.

Nama dan versi perangkat lunak yang digunakan dalam penelitian ini adalah: Linux RedHat 9.0 (sistem operasi), Apache ver. 2.20 (web server), MySQL ver. 4.2 (database server), dan PHP ver. 4.3 (web interface programming language). Sistem database mikro-organisme indigenos yang telah dikembangkan, untuk sementara dapat diakses melalui situs: http://152.118.162.250/bio/. Selanjutnya, setelah penelitian ini berakhir, alamat situs akan dipindahkan

SUMBER : MAKARA, SAINS, VOL. 10, NO. 1, APRIL 2006: 1-5

WHAT IS NCBI ..........??????

National Center for Biotechnology Information (NCBI) adalah bagian dari Amerika Serikat National Library of Medicine (NLM), sebuah cabang dari National Institutes of Health. Para NCBI terletak di Bethesda, Maryland (38.994994 ° N 77.099339 ° WCoordinates: 38.994994 ° N 77.099339 ° B) dan didirikan pada tahun 1988 melalui legislasi disponsori oleh Senator Claude Pepper. Para NCBI rumah sekuensing genom data dalam GenBank dan indeks artikel penelitian biomedis di PubMed Central dan PubMed, serta informasi lain yang relevan dengan bioteknologi. Semua database yang tersedia secara online melalui mesin pencari Entrez.
NCBI diarahkan oleh David Lipman, salah satu penulis asli dari program BLAST urutan alignment dan seorang tokoh yang dihormati di Bioinformatika. Dia juga memimpin program penelitian intramural, termasuk kelompok yang dipimpin oleh Stephen Altschul (BLAST lain co-penulis), David penghuni darat, dan Eugene Koonin (seorang penulis produktif di genomik komparatif).
Para NCBI telah memiliki tanggung jawab untuk membuat database GenBank tersedia urutan DNA sejak 1992. GenBank berkoordinasi dengan laboratorium individu dan database urutan lainnya seperti Biologi Laboratorium Molekuler Eropa (EMBL) dan DNA Data Bank of Japan (DDBJ) . 
Sejak tahun 1992, NCBI telah berkembang untuk menyediakan database lain selain GenBank. NCBI menyediakan Warisan Mendel Online di Man, Database Modeling Molekuler (struktur protein 3D), dbSNP database polimorfisme nukleotida tunggal, Koleksi Gene Urutan unik Manusia, Peta Gene dari genom manusia, Browser Taksonomi, dan koordinat dengan National Cancer Institute untuk menyediakan Proyek Genome Kanker Anatomi. Para NCBI memberikan pengenal unik (nomor ID Taksonomi) untuk setiap spesies organisme.
Para NCBI memiliki alat software yang tersedia dengan browsing WWW atau melalui FTP. Sebagai contoh, BLAST adalah kesamaan urutan program yang mencari. BLAST dapat melakukan perbandingan urutan DNA terhadap database GenBank dalam waktu kurang dari 15 detik.
Rak Buku pada NCBI adalah kumpulan tersedia secara bebas, download, on-line versi buku biomedis yang dipilih. Sejak April 2011, Rak Buku telah ada 845 judul yang meliputi berbagai topik termasuk biologi molekuler, biokimia, biologi sel, genetika, mikrobiologi, menyatakan penyakit dari titik molekuler dan seluler pandang, metode penelitian, dan virologi. Beberapa buku adalah versi online dari buku yang diterbitkan sebelumnya, sementara yang lain, seperti Coffee Break (buku), yang ditulis dan diedit oleh NCBI staf. Bookshelf adalah pelengkap repositori Entrez PubMed peer-review abstrak publikasi dalam bahwa isi Bookshelf memberikan perspektif didirikan pada bidang berkembang studi dan konteks di mana banyak potongan individu yang berbeda dari penelitian yang dilaporkan dapat diatur.